Akademik Intrakurikuler SMA Katolik Frateran Ndao adalah kegiatan pembelajaran utama yang dilaksanakan untuk mencapai tujuan belajar sesuai dengan jadwal dan beban belajar yang ditetapkan dalam struktur kurikulum. Kegiatan ini diatur mengacu pada Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 13 Tahun 2025.Di SMATER NDAO Ende, struktur Intrakurikuler dibagi menjadi dua kelompok utama, terutama pada Fase F (Kelas XI dan XII), yaitu: Kelompok Mata Pelajaran Wajib dan Kelompok Mata Pelajaran Pilihan